北京协和医院胸外科是全国第一个成立的胸外科，旧协和医院外科主任美国人娄克斯教授就施行胸外科手术。胸外科鼻祖吴英恺教授在这里完成了第一例食管癌切除胸内吻合，张纪正教授完成了全国第一例肺切除手术，著名的胸外科专家吴英恺、黄家驷、张纪正、李温仁、石美鑫、黄国俊、钱中希教授等均在协和医院胸外科工作。1961年黄家驷教授带领徐乐天、孙成孚教授重新组建协和新的胸外科，床位18张，每年完成胸外科手术近100例。以后李泽坚、吴良洪教授的加盟使胸外科力量更为强大，同时还开展了心外科手术。
　　自1981年恢复北京胸外科学术活动以来，活动基地一直在协和医院，胸外科主任徐乐天教授担任中华胸心血管外科学会常委、北京胸心血管外科学会主任委员以来，北京协和医院胸外科在北京市乃至全国胸外科的学术地位明显增长，手术数量、手术难度和深度均有明显的提高。目前我科李泽坚教授任中华胸心血管外科学会秘书长，北京胸心血管外科学会名誉顾问, 美国lyman Bruwez III国际心胸血管外科会员。科主任张志庸教授担任中华胸心血管外科学会委员，北京胸心血管外科学会副主任委员。李单青副教授为北京胸心血管外科学会委员，崔玉尚大夫为北京胸心血管外科学会秘书。另外，我科室人员尚担任中华胸心血管外科杂志副主编、食管外科杂志副主编、中国肺癌杂志常务编委、中华外科杂志特邀审稿委员等职务。
　　由于历史的原因从1961年至2003年胸外科床位一直为18张，客观上严重限制了胸外科的发展，2003年在院领导亲切关怀下，我科床位历史性增加到42张。
　　目前我科室人员梯队构成情况如下：
　　正教授：2名
　　副教授：4名
　　主治医师：2名
　　住院医师：2名
　　（其中获得博士学位者3人，硕士学位者4人）
　　近5年来我科收治病人数量、门诊量和手术数量均有明现提高。2003年尽管受SARS病情影响，我科室共有13名医护人员被抽调到诊治SARS一线，科室曾一度关停，但收治病人仍达到近1000例，门诊量达到3400余人次/年，手术量的增加最为明显，每年以100例速度增加：
　　1999年      2000年      2001年       2002年       2003年
　　            375例       485例        561例        584例
　　本科手术量在北京市胸外科排名第3，仅次于医科院肿瘤医院(1500例)和解放军总医院700例)，但是这两院胸外科的床位分别为120张和60张。在每张床位平均手术量，协和医院胸外科为北京市的第1名。
　　医科院肿瘤医院    120张床   1617例手术    13.48例/床
　　301医院           60张床     680例手术    11.33例/床
　　协和医院          18张床     561例手术    31.12例/床
　　              (2002年统计资料)
　　我科技术水平已达到北京市以及全国先进行列，普通胸外科技术在我科已经普及，主治医师以上医师均能独立完成常见肺、食管、贲门癌切除和纵隔肿瘤摘除手术，手术合并症低于10%，住院死亡率低于1%；1990年由徐乐天主任率头“食管贲门癌外科治疗”获医科院科技进步三等奖；1995年由李泽坚主任带领全科室参与的血管外科工作“胸腹主动脉瘤的外科治疗”获医科院科技进步三等奖；1998年科室“协和医院食管恶性肿瘤的外科治疗”获北京协和医院科技进步二等奖；1999年8月 李泽坚主任带领全科室（和北京医院许贤豪并列）“重症肌无力泛化自身免疫的提出，易疲劳严重程度判定及临床免疫诊断新方法创立”获卫生部科技进步二等奖（证书号 99202102）。此外我科还接受来自全国的疑难复杂病例的诊治，是国内担负处理难度大、风险高、病情复杂的胸外科之一。除了处理常见胸外科疾病以外，我科外科治疗重症肌无力、胸腺肿瘤手术居全国领先水平，治疗食管、贲门癌和支气管肺癌水平位于全国先进之列。
　　近年来我科较为广泛开展了电视胸腔镜和微创外科手术，仅4年VATS手术量累计达400余例(前5年VATS手术量为130余例)。VATS除了处理较为简单的自发性气胸、肺活检外，还开展了较为复杂的手术，如胸腺瘤摘除、纵隔肿瘤切除、小切口胸腔镜辅助肺叶切除等。
　　胸腺区巨大恶性肿瘤的手术治疗是胸外科的难题，我科在近3年来进行胸腺恶性肿瘤根治、上腔静脉系统切除人工血管架桥术，初步结果优良，成为全国少数施行这一复杂手术的单位之一。
　　对于COPD晚期患者我科开展了肺减容术近30余例，取得了令人可喜的结果，在此基础上，我们准备开展肺移植术。
　　本科因为历史性的原因以及客观条件，多年来一直未能建立胸外科实验室，以至长期以来发表的均是回顾性文章、临床经验论文，缺乏前瞻性的科学研究。尽管有些小题目或小科研项目，但是缺乏长远的、有希望发展的课题，有些科研题目是借他人实验室来完成的。尽管在1992年以后，我科室在全国核心期刊上发表科研论文50余篇，出版专著4篇，译著1篇；共培养博士生4名，硕士生7名，但无实验室、无课题、无资金是我科目前最严重、最急需解决的问题和困难。
　　本科目前研究方向：
　　1、着手规划胸外科实验室，并开始初步科研工作。
　　2、肺癌的早期诊断
　　3、肺癌的外科治疗和综合治疗效果
　　4、重症肌无力的综合治疗
　　5、胸腺恶性肿瘤的外科治疗
　　6、肺移植