外科学系主要是负责和管理大外科的临床、科研和教学等；协调、组织、管理、政策制定以及医生培训、继续教育、医学生临床实习和见习、研究生培养等，以及急诊和外宾医疗的组织和管理等工作，同时负责医生的留任、晋升和继续教育培训等，以及组织大外科各项活动等。
    吴英恺、曾宪九等一大批教授、专家均曾在北京协和医院外科工作并担任外科主任等职务。现任外科学系主任邱贵兴教授是中国工程院院士、著名骨科专家，兼任北京协和医院骨科主任，中国协和医科大学北京协和医院及香港大学脊柱外科中心主任，任职主任医师、教授、博士生导师，享受政府特殊津贴；同时，他还是中华医学会骨科分会主任委员，中华医学会北京分会骨科专业委员会主任委员，中华骨科杂志主编，中国脊柱脊髓杂志名誉主编，中国骨质疏松杂志、临床骨科杂志、中国关节外科杂志、实用骨科杂志、亚太骨科杂志、中华创伤骨科杂志、中国骨肿瘤杂志的编委、常务编委、副主编等职，AAOA校友会成员、吴阶平医学基金会理事、协和医大保健乐部专家委员会委员、中华医学会国际交流与合作工作委员会委员。北京医学会第17届理事会常务理事、中华骨科杂志主编、中华关节外科杂志主编、中国骨与关节外科杂志主编、Journal of Orthopaedic Surgery（APOA）、Spine杂志编委、中欧骨科学术交流委员会中方主席、国际脊柱畸形矫形研究组（SDSG）中国组主席、国际脊柱功能重建学会（SAS）中国分会主任委员等职。 邱贵兴教授擅长脊柱外科及关节外科。较早地引入并积极推广CD、TSRH、CDH系统等脊柱固定器在临床上的运用，尤其在脊柱侧凸方面进行了长达20余年临床基础研究，并针对国际上现有各种特发性脊柱侧凸分型的不足，在国际上首次提出脊柱侧凸的中国分型方法（PUMC协和分型），对指导脊柱侧凸的诊治具有重要的临床指导意义，并受到了国内外广大同行的高度关注，使我国的脊柱侧凸治疗达到国际水平。他所领导的课题《特发性脊柱侧凸的系列研究及临床应用》获国家科技进步二等奖。 在关节外科方面开展了大量工作，熟练地完成了大量全膝、全髋关节置换术，使许多股骨头坏死、股骨颈骨折、髋关节创伤、先天性髋关节发育不良、严重类风湿关节炎、严重骨关节炎引起的关节疼痛及功能丧失的患者恢复了日常生活。 作为项目负责人开展了特发性脊柱侧凸的协和（PUMC）分型及其临床应用研究、特发性脊柱侧弯相关基因的研究、老年骨关节炎的临床分期及优化防治等7项国家级、7项省部级科研课题，另外还有多项院内课题